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Aivia 11
AI 加速分析
 
 

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深度學(xué)習(xí)分割目標(biāo)
基于 Cellpose 的物體檢測(cè)
 
    Aivia 11結(jié)合了先進(jìn)的Cellpose（Stringer，2021）[1]——用于目標(biāo)檢測(cè)的深度學(xué)習(xí)模型。我們提供四種新的Cellpose 分析訣竅為所有人提供基于AI 的2D和3D對(duì)象分割，使用者無需具備Python 編程知識(shí)或訓(xùn)練深度學(xué)習(xí)模型。
   這些模型高度契合各種成像方式和染色條件。無論您的成像實(shí)驗(yàn)涉及DIC系統(tǒng)還是熒光膜染色，基于Cellpose 的目標(biāo)分割訣竅每次都能夠使您能獲得穩(wěn)健且可重復(fù)的分割結(jié)果。

• 使用 Cellpose 強(qiáng)大的目標(biāo)檢測(cè)深度學(xué)習(xí)模型

• 無需 Python 腳本或深度學(xué)習(xí)模型訓(xùn)練知識(shí)

• 利用現(xiàn)有的 Aivia 工具進(jìn)行日常分析

自Aivia 9起，我們通過Python 腳本提供了Cellpose ——AI目標(biāo)分割插件。如今我們將Cellpose集成到現(xiàn)有的分析框架中，Aivia 11工作流程中的深度學(xué)習(xí)細(xì)胞分割變得更加簡(jiǎn)潔高效。

[1] Stringer C, Wang T, Michaelos M, Pachitariu M. Cellpose: a generalist algorithm for cellular segmentation. Nature Methods. 18: 100-106. (2021)

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多孔板實(shí)驗(yàn)
 分析整個(gè)實(shí)驗(yàn)
        當(dāng)您的實(shí)驗(yàn)同時(shí)具有多個(gè)測(cè)試條件時(shí)，您的分析軟件應(yīng)該能夠一次分析所有條件。在Aivia 11中，我們引入的幾個(gè)功能，使您可以在同一平臺(tái)中展示、探索和分析多孔板實(shí)驗(yàn)，以快速獲得洞見。 
    從成像實(shí)驗(yàn)開始，Aivia 11的新界面Experiment Explorer允許您將徠卡多孔板數(shù)據(jù)導(dǎo)入Aivia。您可以瀏覽來自單個(gè)孔的圖像或來自Multi-well Navigator的成像結(jié)果，并使用標(biāo)簽來注釋板中每個(gè)孔的實(shí)驗(yàn)條件。
 

• 使用直觀的導(dǎo)航界面導(dǎo)入和探索整個(gè)多孔實(shí)驗(yàn)

• 定義下游分析的實(shí)驗(yàn)條件

• 將結(jié)果導(dǎo)出到 CytoMAP 以進(jìn)行進(jìn)一步的數(shù)據(jù)探索

• 支持來自MICA等成像系統(tǒng)的多孔板數(shù)據(jù)格式

    您可以在單個(gè) FOV 上使用 Aivia 的內(nèi)置工具分析圖像，并使用新的工作流工具（Workflow Processor）設(shè)計(jì)分析流程。然后，將您構(gòu)建的分析流程批量應(yīng)用于整個(gè)成像實(shí)驗(yàn)，或用于添加過注釋條件的特定孔內(nèi)的圖像。
    從批量分析流程中收集的統(tǒng)計(jì)結(jié)果可以導(dǎo)出到CytoMAP（Stoltzfus，2020）[2]，進(jìn)行進(jìn)一步的數(shù)據(jù)探索。利用 CytoMAP 的功能（如降維）加速獲取成像實(shí)驗(yàn)中洞見，從而加快您的成果發(fā)布過程。

[2] Stoltzfus CR, Filipek J, Gern BH, et al. CytoMAP: a spatial analysis toolbox reveals features of myeloid cell organization in lymphoid tissues. Cell reports. 31(3): 107523.

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工作流
完整的分析流程
    我們?yōu)槟峁┝吮纫酝叩淖杂啥取Ｔ贏ivia 11中您可以自定義圖像分析流程。Workflow Processor 允許您設(shè)計(jì)“從數(shù)據(jù)導(dǎo)入到目標(biāo)分類和結(jié)果導(dǎo)出"的完整分析流程。
    Workflow Processor 允許您將 Aivia 中的分析工具（圖像增強(qiáng)功能、AI 支持的像素分類器、深度學(xué)習(xí)模型、圖像分析訣竅、測(cè)量結(jié)果和目標(biāo)分類器）整合到同一個(gè)工作流中。此外，您還可以設(shè)置多個(gè)工作流以連續(xù)運(yùn)行，從而擴(kuò)展分析功能。

• 混合搭配 Aivia 的分析工具，創(chuàng)建您自己的分析流程

• 可以從頭開始設(shè)計(jì)工作流，也可以根據(jù)以前分析的結(jié)果構(gòu)建工作流

• 批量應(yīng)用自定義工作流，快速獲得結(jié)果

    設(shè)計(jì)工作流的過程已整合到Aivia 中的分析工具中?！皠?chuàng)建工作流（Create a Workflow）"功能可將數(shù)據(jù)分析訣竅中的圖像增強(qiáng)及像素分類器自動(dòng)加載到Workflow Processor 界面中 ， 讓您能夠快速創(chuàng)建批處理流程，將分析應(yīng)用于整個(gè)實(shí)驗(yàn)。這樣就無需回憶您采取的每個(gè)分析步驟，因此您可以專注于結(jié)果的解析。

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其他改進(jìn)

• 3D 細(xì)胞分析和 3D 細(xì)胞姿勢(shì)配方的網(wǎng)格預(yù)覽速度更快

• 從標(biāo)記的圖像創(chuàng)建 2D 和 3D 對(duì)象

• AiviaWeb具有存儲(chǔ)和自動(dòng)存檔功能，可作為訂閱選項(xiàng)提供

 
人工智能不僅僅是一個(gè)流行語
    Aivia為希望從圖像中提取更多信息的顯微鏡學(xué)家和研究人員提供高性能的圖像處理和展示平臺(tái)。Aivia中支持AI的工具簡(jiǎn)化了成像分析的關(guān)鍵步驟，并為用戶提供了針對(duì)其數(shù)據(jù)量身定制的解決方案。
 
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