熒光顯微鏡用于研究細(xì)胞內(nèi)物質(zhì)的吸收、運(yùn)輸、化學(xué)物質(zhì)的分布及定位等。細(xì)胞中有些物質(zhì)，如葉綠素等，受紫外線(xiàn)照射后可發(fā)熒光；另有一些物質(zhì)本身雖不能發(fā)熒光，但如果用熒光染料或熒光抗體染色后，經(jīng)紫外線(xiàn)照射亦可發(fā)熒光，熒光顯微鏡就是對(duì)這類(lèi)物質(zhì)進(jìn)行定性和定量研究的工具之一。

　　熒光顯微鏡技術(shù)包括免疫熒光技術(shù)和熒光素直接標(biāo)記技術(shù)。例如，將標(biāo)記熒光素的純化肌動(dòng)蛋白顯微注射入培養(yǎng)細(xì)胞中，可以看到肌動(dòng)蛋白分子組裝成肌動(dòng)蛋白纖維。可將產(chǎn)生熒光的綠色熒光蛋白基因與某種蛋白質(zhì)基因融合，在表達(dá)這種融合蛋白的細(xì)胞中，便可直接在活體狀態(tài)下觀(guān)察到該蛋白在活細(xì)胞內(nèi)的動(dòng)態(tài)變化。不同熒光素的激發(fā)波長(zhǎng)范圍不同，所以同一樣品可以用兩種以上的熒光素標(biāo)記，同時(shí)顯示不同成分在細(xì)胞中的定位。

　　還有一種反卷積處理技術(shù)，是一種應(yīng)用于沿光學(xué)（Z）軸獲取的一組全聚焦圖像的算法，以增強(qiáng)對(duì)于給定圖像平面或多個(gè)焦平面圖像疊加中的光子信號(hào)。顯微鏡必須配備高精度的電動(dòng)聚焦驅(qū)動(dòng)器，以保證在樣品的焦平面之間以精確定義的間隔進(jìn)行圖像采集。在一個(gè)典型的應(yīng)用中，反卷積處理被用于去模糊以及從*焦平面上去除使用寬場(chǎng)熒光激發(fā)和發(fā)射聚焦外的光。反卷積過(guò)程是將焦平面上方和下方發(fā)射的光子產(chǎn)生的“模糊”強(qiáng)度重新分配給原始平面。因此，反卷積幾乎使用了所有可用的發(fā)射強(qiáng)度，并提供了較佳的光預(yù)算，從而使這項(xiàng)技術(shù)成為非常光敏的樣品的選擇方法。